ArcGIS Engineはレイヤ ファイル（.lyr）を作成できません。なので数値分類などの凡例情報をファイルとして保存するには、マップ ドキュメント（.mxd）を作るしかありません。
と思ったらありましたIPersistStream。あらゆるArcGISのオブジェクトをバイナリファイルで格納できる優れもの。IPersistStreamを持ってるクラスならすべてバイナリ形式で保存できます。
ヘルプによるとIPersistStreamはMicrosoftが提供しているインタフェースだそうだ。
これならArcGIS Engineでシンボルの保存・読み込みもばっちりです。
バイナリ型でClassBreaksRendererを保存
ファイルからClassBreaksRendererを読み込み
■出典 ArcGIS Developer Help Online
IPersistStream Interface http://edndoc.esri.com/arcobjects/9.1/default.asp?url=/arcobjects/9.1/ComponentHelp/esriSystem/IPersistStream.htm
ObjectStream CoClass http://edndoc.esri.com/arcobjects/9.1/default.asp?url=/arcobjects/9.1/ComponentHelp/esriSystem/ObjectStream.htm