2つの緯度経度の測地線距離(回転楕円体面上の最短距離)を求める方法です。ArcGIS データを作って処理するとか色々方法がありますが、簡単に計算するなら、ArcGIS の Geometry Service (Distance) を使う方法があります。
From: と To: には JSON 形式で esriGeomtryType の座標を入力を十進経緯度で入力します。座標系を変更したい場合は、Spatial Reference: の WKID を適宜変更してください。
度分秒から十進経緯度の計算は以下のページを利用してください。
座標を入力したら、[Distance (GET)] か [Distance (POST)] をクリックします。Format: が HTML ならページ上に値が出力されます。